在大海的深处，是水的海底，羽戊良如同咸鱼一般躺在那里，不时畅游在水中，偶尔去吞噬一些浓度很高的放射性物质。
与羽戊良的悠闲舒适相比，人类就显得紧张又焦虑。
第三新东京市破坏严重，重建工作相当艰巨，而且必须赶进度，毕竟谁也不知道下一个使徒什么时候到来。
如今24层装甲板被破开，nerv总部门户洞开，不尽早修复的话，下次使徒直接从那里下来轻松加愉快。
人类逐渐感到压力，原本对自己的武器极为自信，相信可以消灭使徒，却发现那都只是笑话而已。
接着又把希望寄托在nerv以及eva身上，一开始寄予厚望的eva，因为羽戊良这只哥斯拉的乱入，一切又被打乱了，除了第五使徒被零号机偷偷开枪射杀，其他使徒部是被羽戊良击败的。
而羽戊良还毫不客气地吞噬了使徒的身体以及核心，完成了各种各样的进化。
深知自身太过渺小的人类自然有了紧迫感。
所幸nerv方面有应对措施，目前在碇源堂的亲自监督下，一个用来对付羽戊良的项目正在悄然进行。
在此期间，人类这边似乎一切都不是很顺利。
“你说什么？消灭了？”
正在浴室中洗澡的葛城美里接到紧急电话，震惊地直接从浴缸里站了起来。
“eva四号机和第二支部都被消灭了？”
发生这样的大事，nerv总部立刻召开了紧急会议，使徒分析出究竟是什么原因造成的。
但因为第二支部已经彻底被摧毁，没有相关的影像资料，所以暂时无法得出具体结论。
不过由于eva四号机是为开发次时代机型提供数据的实验机体，所以高层认为无论发生什么都不足为奇，于是没有太将这件事重视。
接下来，就是美国支部强烈要求将eva三号机送往r国nerv总部，具体原因不清楚。
eva三号机作为最新机型，能力自然不容忽视，seele也是鼓励碇源堂将其最为未来的战斗主力。
这其中也是引起了一番争执，碇源堂生性谨慎，不愿意尝试没有经过测试的eva三号机，而seele则是劝碇源堂放弃作为实验机的零号机。